התוכנית לתואר שני בהנדסת אנרגיה והספק היא ייחודית, ראשונה מסוגה באקדמיה ונלמדת בלעדית באפקה. זוהי תוכנית רב-תחומית, המשלבת לראשונה בין לימודי הנדסה מכנית להנדסת חשמל, ומספקת לסטודנטים ולסטודנטיות העמקה וראייה רחבה בתחום האנרגיה. בשנים האחרונות תחום מערכות האנרגיה והחשמל צובר תאוצה, בין היתר בעקבות הקמה והרחבה מסיבית של תשתיות אנרגיה, מערכות תחבורה המבוססות על הנעה חשמלית (כמו הרכבת הקלה בגוש דן ופרויקט חשמול הרכבת) ושימוש גובר והולך בכל רכב חשמליים. גם היקף השימוש בלוחות סולריים ובאמצעי אנרגיה חלופיים וידידותיים לסביבה מתרחב, וגובר הצורך באספקת אנרגיה לערים חכמות ולמפעלי ענק.

כבר היום כל הגופים המקצועיים מעידים על מחסור עצום במומחים ייעודיים בעלי ידע הנדסי-מקצועי והבנה עסקית, רגולטורית ופיננסית בתחום האנרגיה וההספק החשמלי, ומחסור זה צפוי להחמיר עד מאוד.  התוכנית לתואר שני סוללת את דרכם של הבוגרים והבוגרות להתמחות ולקריירה בתחום מבוקש זה, ופותחת בפניהם את הדלת להשתלב בתעשייה ולהוביל את השינויים התכופים המתרחשים בה.

מסלולים והתמחויות- התוכנית מציעה שני מסלולים – עם תזה (עבודת מחקר מדעית הנדסית) וללא תזה. מסלול לימודים עם תזה מכשיר את המוסמכים והמוסמכות לעסוק במחקר שיסייע להם להתפתח בלימודי המשך אקדמיים (דוקטורט) או להשתלב כחברי סגל באקדמיה. סטודנטיות וסטודנטים במסלול הכולל כתיבת תזה, אשר עומדים בתנאי ועדת הקבלה, יזכו לפטור משכר הלימוד ולמלגת קיום מיוחדת שתאפשר התמקדות במחקר.

הסטודנטים בשני המסלולים יוכלו לבחור להתמחות במערכות אנרגיה או במערכות הספק חשמלי. משך התוכנית כשנתיים (ארבעה סמסטרים) ובסיומה יוענק לסטודנטים בשני המסלולים תואר שני (M.Sc.)  בהנדסת אנרגיה והספק.